Pengukuran morfometrik merupakan beberapa pengukuran standar
yang digunakan pada ikan antara lain panjang standar, panjang moncong
atau bibir, panjang sirip punggung atau tinggi batang ekor. Keterangan
mengenai pengukuran–pengukuran ini dibuat oleh Hubbs & Lagler (1964).
Pada pengukuran ikan yang sedang mengalami pertumbuhan digunakan
rasio dari panjang standar. Ikan yangdigunakan adalah ikan yang
diperkirakan mempunyai ukuran dan kelamin yang sama. Hal ini disebabkan
pertumbuhan ikan tidak selalu proporsional dan dimorfime seksual sering
muncul pada ikan (tetapi seingkali tidak jelas).

Pengukuran morfometrik merupakan pengukuran yang penting dalam
mendekripsikan jenis ikan. Ciri meristik merupakan ciri-ciri dalam taksonomi
yang dapat dipercaya, karena sangat mudah digunakan. Ciri meristik ini
meliputi apa saja pada ikan yang dapat dihitung antara lain jari-jari dan duri
pada sirip,jumlah sisik, panjang linea literalis dan ciri ini menjandi tanda dari
spesies. Salah satu hal yang menjadi permasalahan adalah kesalahan
penghitungan pada ikan kecil. Faktor lain yang dapat mempengaruhi ciri
meristik yaitu suhu, kandungan oksigen terlarut, salinitas, atau ketersediaan
sumber makanan yang mempengaruhi pertumbuhan larva ikan. Ciri-ciri
anatomi sulit untuk dilakukan tetapi sangat penting dalam mendeskripsi ikan.
Ciri-ciri tersebut meliputi bentuk, kesempurnaan dan letak linea lateralis, letak
dan ukuran organ-organ internal, anatomi khusus seperti gelembung udara dan
organ-organ elektrik.

Pola pewarnaan merupakan ciri spesifik, sebab dapat berubah sesuai
dengan umur, waktu, atau lingkungan dimana ikan tersebut didapatkan. Hal
ini merupakan bagian penting dalam mendeskripsi setiap spesies, misal pola
pewarnaan adalah ciri spesifik spesies, kondisi organ reproduksi, jenis
kelamin. Masalah utama dalam pewarnaan bila digunakan sebagai alat
taksonomi adalah subjektivitas yang tinggi dalam mendeskripsi ikan.
Kariotipe merupakan deskripsi dari jumlah dan morfologi kromosom. Jumlah
krosmosom tiap sel tampaknya menjadi ciri-ciri ikan secara konservatif dan
dfigunakan sebagai indikator dalam famili. Jumlah lengan kromosom
seringkali lebih jelas dari pada jumlah krosmosom. Teknik lain yang
digunakan berkaitan juga dengan kariotiping, adalah penghitungan jumlah
DNA tiap sel. Namun, jumlah DNA cenderung berkurang pada spesies
terspesialisasi (Hidengarrner & Rosen,1972 dalam Moyle & Cech, 1988).

Elektroforesis merupakan tehnik yang digunakan untuk mengevaluasi
kesamaan protein. Contoh jaringan diperlakukan secara mekanis untuk
mengacak struktur membran sel, agar melepaskan protein yang larut air.
Selanjutnya, protein ini diletakkan dalam suatu gel, biasanya terbuat dari pati
atau agar, yang selanjutnya diperlakukan dengan menggunakan arus litrik.
Kecepatan pergerakan respon protein untuk berpindah atau bergerak
tergantung pada ukuran molekulnya. Kesamaan genetik dari indiviual dan
spesies dapat dibandingkan dengan ada atau tidak adanya protein yang
dibedakan berdasarkan letak dalam gel. Elektroforesis dapat digunakan untuk
menguji variasi genetik dalam populasi. Berikut ini klasifikasi ikan yang
menunjukkan hubungan evolusioner dari kelompok besar ikan.